Ejemplo n.º 1
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func coords(num int, atomRecords []byte) []structure.Coords {
	r := bytes.NewReader(atomRecords)
	name := fmt.Sprintf("fragment %d", num)

	entry, err := pdb.Read(r, name)
	util.Assert(err, "Fragment contents could not be read in PDB format")

	atoms := entry.OneChain().CaAtoms()
	if len(atoms) == 0 {
		util.Fatalf("Fragment %d has no ATOM coordinates.", num)
	}
	return atoms
}
Ejemplo n.º 2
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func BenchmarkReadPDB(b *testing.B) {
	if len(flagPdbFile) == 0 {
		return
	}

	r := gzReader(flagPdbFile)
	bs, err := ioutil.ReadAll(r)
	if err != nil {
		log.Fatal(err)
	}
	b.ResetTimer()
	for i := 0; i < b.N; i++ {
		if e, err := pdb.Read(bytes.NewReader(bs), flagPdbFile); err != nil {
			log.Fatal(err)
		} else {
			for _, chain := range e.Chains {
				chain.SequenceCaAtoms()
			}
		}
	}
}