func (r *Reader) Read(p []byte) (n int, err error) {
n = 0
buf := bytes.NewBuffer(nil)
if r.overflow != nil {
ln, _ := buf.Write(r.overflow)
n += ln
}
for {
seq, er := r.r.Read()
if er != nil {
if er == io.EOF {
copy(p[0:n], buf.Bytes()[0:n])
}
err = er
break
}
ln, _ := fasta.Format(seq, buf)
if n+ln > cap(p) {
copy(p[0:n], buf.Bytes()[0:n])
r.overflow = buf.Bytes()[n:]
break
} else {
n += ln
}
}
return
}
func (r *Reader) Format(s *seq.Seq, w io.Writer) (n int, err error) {
switch {
case r.format == "fasta":
return fasta.Format(s, w)
case r.format == "fastq":
return fastq.Format(s, w)
case r.format == "sam":
return sam.Format(s, w)
}
return 0, errors.New("unknown sequence format")
}