func convert(fa_ain, ref_ain *simplestream.SimpleStream, aout *os.File, start_pos int64) error {
var e error
var fa_bp byte
allele_num := 0
bufout := bufio.NewWriter(aout)
defer bufout.Flush()
for {
if fa_ain.Pos >= fa_ain.N {
if e := fa_ain.Refresh(); e != nil {
return e
}
}
if ref_ain.Pos >= ref_ain.N {
if e := ref_ain.Refresh(); e != nil {
return e
}
}
fa_bp = fa_ain.Buf[fa_ain.Pos]
fa_ain.Pos++
ref_bp = ref_ain.Buf[ref_ain.Pos]
ref_ain.Pos++
if fa_bp != 'n' && fa_bp != 'N' && fa_bp == ref_bp {
switch fa_bp {
case 'A':
aout.WriteByte('a')
case 'C':
aout.WriteByte('c')
case 'G':
aout.WriteByte('g')
case 'T':
aout.WriteByte('t')
default:
aout.WriteByte(fa_bp)
}
} else if fa_bp == 'N' || fa_bp == 'n' {
switch ref_bp {
case 'A', 'a':
aout.WriteByte('!')
case 'C', 'c':
aout.WriteByte('#')
case 'G', 'g':
aout.WriteByte('\'')
case 'T', 't':
aout.WriteByte('4')
default:
aout.WriteByte(ref_bp)
}
} else if fa_bp != ref_bp {
switch fa_bp {
case 'a', 'A':
aout.WriteByte('A')
case 'c', 'C':
aout.WriteByte('C')
case 'g', 'G':
aout.WriteByte('G')
case 't', 'T':
aout.WriteByte('T')
default:
aout.WriteByte(fa_bp)
}
} else {
aout.WriteByte('-')
}
}
return nil
}