예제 #1
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파일: tabix.go 프로젝트: pombredanne/hts
// Add records the SAM record as having being located at the given chunk.
func (i *Index) Add(r Record, c bgzf.Chunk, placed, mapped bool) error {
	refName := r.RefName()
	rid, ok := i.nameMap[refName]
	if !ok {
		rid = len(i.refNames)
		i.refNames = append(i.refNames, refName)
	}
	shim := tabixShim{id: rid, start: r.Start(), end: r.End()}
	return i.idx.Add(shim, internal.BinFor(r.Start(), r.End()), c, placed, mapped)
}
예제 #2
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파일: record.go 프로젝트: pombredanne/hts
// Bin returns the BAM index bin of the record.
func (r *Record) Bin() int {
	if r.Flags&Unmapped != 0 {
		return 4680 // reg2bin(-1, 0)
	}
	end := r.End()
	if !internal.IsValidIndexPos(r.Pos) || !internal.IsValidIndexPos(end) {
		return -1
	}
	return int(internal.BinFor(r.Pos, r.End()))
}