Ejemplo n.º 1
0
func TestIntervalSource(t *testing.T) {
	var a Relatable
	a = parsers.NewInterval("chr1", 1234, 5678, bytes.Split([]byte("chr1\t1234\t5678"), []byte("\t")), 0, nil)
	a.SetSource(222)

	if a.Source() != 222 {
		t.Error("expected 222, got", a.Source())
	}
}
Ejemplo n.º 2
0
Archivo: bix.go Proyecto: brentp/bix
// return an interval using the info from the tabix index
func newgeneric(fields [][]byte, chromCol int, startCol int, endCol int, zeroBased bool) (*parsers.Interval, error) {
	s, err := strconv.Atoi(unsafeString(fields[startCol]))
	if err != nil {
		return nil, err
	}
	if !zeroBased {
		s -= 1
	}
	e, err := strconv.Atoi(unsafeString(fields[endCol]))
	if err != nil {
		return nil, err
	}
	return parsers.NewInterval(string(fields[chromCol]), uint32(s), uint32(e), fields, uint32(0), nil), nil
}
Ejemplo n.º 3
0
func TestInterval(t *testing.T) {
	a := parsers.NewInterval("chr1", 1234, 5678, bytes.Split([]byte("chr1\t1234\t5678"), []byte("\t")), 0, nil)
	if a.Chrom() != "chr1" {
		t.Error("expected \"chr1\", got", a.Chrom())
	}
	if a.Start() != 1234 {
		t.Error("expected start = 1234, got", a.Start())
	}
	if a.End() != 5678 {
		t.Error("expected start = 5678, got", a.End())
	}

	s := fmt.Sprintf("%v", a)
	if len(s) == 0 {
		t.Error("bad String")
	}

}