コード例 #1
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ファイル: fragment.go プロジェクト: TuftsBCB/hhfrag
func (db PDBDatabase) HHsuite() hhsuite.Database {
	resolved := hhsuite.Database(db).Resolve()
	dbName := path.Base(resolved)
	return hhsuite.Database(path.Join(resolved, dbName))
}
コード例 #2
0
ファイル: fragment.go プロジェクト: TuftsBCB/hhfrag
func (db PDBDatabase) PDB() string {
	resolved := hhsuite.Database(db).Resolve()
	return path.Join(resolved, "pdb")
}
コード例 #3
0
ファイル: flags.go プロジェクト: ndaniels/tools
				"When set, a CPU profile will be written to the file provided.")
		},
	},
	"pdb-dir": {
		set: func() {
			flag.StringVar(&FlagPdbDir, "pdb-dir", FlagPdbDir,
				"The path to the directory containing the PDB database.")
		},
	},
	"seq-db": {
		set: func() {
			flag.StringVar(&flagSeqDB, "seq-db", flagSeqDB,
				"The sequence database used to generate the query HHM.")
		},
		init: func() {
			FlagSeqDB = hhsuite.Database(flagSeqDB)
		},
	},
	"pdb-hhm-db": {
		set: func() {
			flag.StringVar(&flagPdbHhmDB, "pdb-hhm-db", flagPdbHhmDB,
				"The PDB/HHM database used to assign fragments.")
		},
		init: func() {
			FlagPdbHhmDB = hhfrag.PDBDatabase(flagPdbHhmDB)
		},
	},
	"blits": {
		set: func() {
			flag.BoolVar(&HHfragConf.Blits, "blits", HHfragConf.Blits,
				"When set, hhblits will be used in lieu of hhsearch.")