Exemplo n.º 1
0
func ExampleSeq_Stitch() {
	f := fs{
		&fe{s: -1, e: 4},
		&fe{s: 30, e: 38},
	}
	fmt.Printf("%-s\n\n%-s\n", n, n.Consensus(false))
	if err := sequtils.Stitch(n, n, f); err == nil {
		fmt.Printf("\n%-s\n\n%-s\n", n, n.Consensus(false))
	} else {
		fmt.Println(err)
	}
	// Output:
	// ACGCTGACTTGGTGCACGTACGTGCACCAAGTCAGCGT
	// ACGGTGACCTGGCGCGCATATGCGCGCCAGGTCACCGT
	// ACGtTGACGTGGCGCTCATATGAGCGCCACGTCATCGT
	// acgCtg--------------------------caGcgt
	//
	// acgctgacntggcgcncatatgngcgccangtcagcgt
	//
	// ACGCGTCAGCGT
	// ACGGGTCACCGT
	// ACGtGTCATCGT
	// acgC--caGcgt
	//
	// acgcgtcagcgt
}
Exemplo n.º 2
0
func ExampleSeq_Stitch() {
	s := NewSeq("example DNA", []alphabet.Letter("aAGTATAAgtcagtgcagtgtctggcagTGCTCGTGCgtagtgaagtagGGTTAGTTTa"), alphabet.DNA)
	f := fs{
		fe{s: 1, e: 8},
		fe{s: 28, e: 37},
		fe{s: 49, e: s.Len() - 1},
	}
	fmt.Printf("%-s\n", s)
	if err := sequtils.Stitch(s, s, f); err == nil {
		fmt.Printf("%-s\n", s)
	}
	// Output:
	// aAGTATAAgtcagtgcagtgtctggcagTGCTCGTGCgtagtgaagtagGGTTAGTTTa
	// AGTATAATGCTCGTGCGGTTAGTTT
}